凈化工作臺由三個最基本的部分組成：高效空氣過濾器，風機，箱體。一種是垂直流的超凈工作臺，即工作區域的空氣流動方向是垂直的，另一種是水平流，即空氣是水平流過工作區域的。本文主要介紹垂直流超凈工作臺。
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對凈化工作臺而言，最主要的就是空氣循環過濾的過程，在這個過程中，風機起到了心臟的作用，箱體就像人的身體，它的氣密性使外界渾濁的空氣無法侵入，并且為空氣循環提供了風道；高效空氣過濾器捕捉空氣中塵埃，使通過它的空氣潔凈。
需要注意的是凈化工作臺里不是處處是潔凈的，過濾器和空氣循環模式只能保證空氣離開過濾器出風口后在部分空間內是純凈的，一般這個空間被稱為工作區域，只有在這個區域操作，才是安全的。完全開環的空氣循環的潔凈效率不高，且外排的空氣可能會攜帶部分樣本中的細菌等，可能會對環境造成危害。
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通常只用于潔凈要求較低的或是無生物危害的場合。其主要特征是在每次循環中所有空氣從外界采入并最終都回到環境中去，一般水平流的凈化工作臺都采用開環模式。這種模式的超凈工作臺結構較簡單，成本低廉，但是風機和過濾器的負載較大，對其壽命會產生不良影響。可見，閉環模式其實也不是完全封閉的氣流循環，每次循環中將有的空氣排放到環境空間，但這些外排的氣體已經過一個外排高效空氣過濾器的過濾。
